Проблема заключается в примерно такой ошибке:
The GPG keys listed for the "Percona-Release YUM repository - x86_64" repository are already installed but they are not correct for this package.
Check that the correct key URLs are configured for this repository.
Failing package is: Percona-Server-shared-57-5.7.26-29.1.el7.x86_64
Решение проблемы:
Заходим на виртуальную машину под пользователем root, откроется меню. Жмем ctrl+c для перехода в коммандную строку и пишем команду:yum install
После установки можно снова зайти в меню командой /root/menu.sh или переподключившись к виртуалке.
Теперь можно запустить обновление и оно пройдет без ошибки.