Сделано это для соблюдения правил безопасности, но если вебвизор вам нужен, а это очень частая ситуация, то все решается очень просто.
В версии виртуальной машины под номером 7.0 и выше нужно отредактировать файл /etc/nginx/bx/conf/http-add_header.conf и закомментировать вторую строку. У вас должно получиться так:
add_header "X-Content-Type-Options" "nosniff"; ##add_header X-Frame-Options SAMEORIGIN;
В версиях виртуальной машины ниже седьмой, нужно напрямую отредактировать файл /etc/nginx/nginx.conf.
После внесения изменений перезагрузите nginx на вашей виртуальной машине:
systemctl restart nginx.service
Теперь вебвизор в Метрике от Яндекс будет работать.